๒. การขูดหินปูน (Scaling)กำจัดคราบจุลินทรีย์ หินปูน และสิ่งสกปรกในร่องเหงือก ร่องลึกปริทันต์ (ร่องเหงือกที่ลึกกว่า ๓ ม.ม.) นั่นคือต้องขูดหินปูนออกทั้งเหนือเหงือกและใต้เหงือก จากนั้นทำรากฟันให้เรียบ (Root Planing) ปราศจากสารพิษใด ๆ เพื่อให้เส้นใยเหงือกและเอ็นยึดปริทันต์กลับยึดแน่นรอบตัวฟันเหมือนเดิม
    ดังนั้น การขูดหินปูนให้หมดจริง ๆ จึงต้องใช้เวลาพอสมควร อาจต้องนัดครั้งละ ๓๐-๔๕ นาที เป็นเวลา ๒-๔ ครั้ง หรือมากกว่านั้น ขึ้นกับความมากน้อยของหินปูน ความลึกของร่องลึกปริทันต์ ความแข็งแรงของหินปูน เป็นต้น
    หลังจากนั้นประมาณ ๔-๖ อาทิตย์ ทันตแพทย์จะประเมินผลดูว่าผู้ป่วยหายจากโรคปริทันต์หรือไม่ โดยดูลักษณะเหงือกว่ากลับสู่สภาพปกติหรือยัง มีเลือดออกเวลาแปรงฟันและเมื่อใช้เครื่องมือวัดร่องลึกปริทันต์หรือไม่ ความลึกของร่องลึกปริทันต์ตื้นขึ้นหรือเข้าสู่สภาวะปกติหรือไม่ ถ้ายังมีความลึกของร่องลึกปริทันต์อยู่ ทันตแพทย์จะพิจารณาว่าควรจะทำการผาตัดหรือไม่ ทั้งนี้ขึ้นกับความร่วมมือของผู้ป่วยในการทำความสะอาดด้วย แม้ว่าเหงือกจะกลับคืนสู่สภาวะปกติแล้ว แต่ถ้าผู้ป่วยละเลยไม่ทำความสะอาดอย่างถูกต้องและสม่ำเสมอ ก็สามารถที่จะกลับเป็นโรคปริทันต์ได้อีก